Các sách sử Việt Nam rất ít nói về thân thế Trần Thủ Độ. Đại Việt sử ký toàn thư viết: Trần Thủ Độ lúc nhỏ ở với bác là Trần Lý. Quê ông ở làng Lưu Xá, huyện Ngự Thiên, lộ Long Hưng (nay là xã Canh Tân, huyện Hưng Hà, tỉnh Thái Bình). Tuy nhiên cho đến nay, qua thời gian lịch sử, những thư tịch mang tính truyền thống như gia phả, bia mộ, sách sử được công bố ở trong và ngoài nước đã giúp ta hiểu thêm được nhiểu điều.

Cuốn gia phả của Trần Ích Tắc:

Trong những năm tháng cuối đời sống tha hương trên đất khách quê người, vốn có tài văn chương và nguồn tư liệu phong phú, Trần Ích Tắc biên soạn cuốn Gia phả họ Trần. Đây là cuốn gia phả công phu và đầy đủ nhất về họ Trần từ năm 227 trước công nguyên.

Theo gia phả do Trần Ích Tắc biên soạn thì Thủy tổ họ Trần Việt Nam là Trần Tự Minh, người tộc Mân Việt thuộc dòng Bách Việt, gốc ở đất Mân (tỉnh Phúc Kiến, Trung quốc ngày nay). Trước kia làm tướng của Tần Thủy Hoàng được phong tước Phương Chính hầu. Sau khi thống nhất Trung quốc, năm 218 trước công nguyên, Tần Thủy Hoàng cho quân vượt sông Trường Giang xâm lược vùng đất Bách Việt. Bất bình với chính sách xâm lược bành trướng của Tần Thủy Hoàng, Trần Tự Minh theo dòng người Bách Việt di cư xuống phía Nam tham gia lực lượng chống Tần lập công lớn, trở thành vị tướng tài ba của Thục An Dương Vương. Khi Triệu Đà đem quân đánh chiếm nước Âu Lạc, Trần Tự Minh  đã cùng tướng quân Cao Lỗ giúp An Dương Vương chống quân xâm lược Triệu Đà. Con cháu Trần Tự Minh sống ở vùng Kinh Bắc (Bắc Ninh ngày nay).

 Vào thời nhà Lý, ở Đại Việt có 3 phái võ nổi danh: phái võ Lĩnh Nam xuất phát từ Mê Linh, phái võ Hoa Sơn xuất phát từ Kinh Bắc thuộc phái Hoàng gia, phái võ Đông  A  của họ Trần do Trần Tự An làm trưởng môn phái.

Trước khi qua đời, Trần Tự An khuyên con trai là Trần Tự Mai nên chuyển võ đường Đông A đi nơi khác để tránh xung đột với phái Hoa Sơn có hại chung cho sự nghiệp võ lâm Đại Việt.

Lúc đầu, Trần Tự Mai chuyển đến ở Đông Triều, Chí Linh (tỉnh Quảng Ninh ngày nay). Sau đó, đến đời con là Trần Tự Kinh quyết chí đi khẩn hoang ở châu thổ sông Nhị Hà. Mười năm đầu Trần Tự Kinh lập trại ở Tức Mặc với hai con trai rất giỏi võ là Trần Tự Hấp và Trần Tự Duy. Về cuối đời, ông nghe theo người con trưởng là Tự Hấp chuyển hẳn về ấp Thái Đường (Làng Tam Đường, xã Tiến Đức, huyện Hưng Hà, tỉnh Thái Bình ngày nay), định cư lâu dài, có nhiều ân đức với dân trong vùng.

Trần Hấp ở đất Thái Đường sinh ra Trần Lý. Trần Lý lại sinh ra các con Trần Thừa, Trần Tự Khánh, Trần Thị Dung, Trần Thị Tam Nương. (sinh sau khi Trần Ích Tắc sang Trung quốc nên gia phả không nói đến).

          Người em là Trần Tự Duy ở đất Lưu Xá bên cạnh (nay là thôn Lưu Xá, xã Canh Tân, huyện Hưng Hà, tỉnh Thái Bình) sinh ra Trần Thủ Huy, Trần Thủ Huy lại sinh ra Trần Thẩm (tước An Quốc Vương) và Trần Thủ Độ. Như vậy nếu xét từ đời Trần Tự Kinh thì Trần Tự Hấp thuộc cành trưởng, Trần Tự Duy thuộc cành thứ. Đến đời Trần Thừa và Trần Thủ Độ là quan hệ anh em nhưng khác cành.    

 (Xem “Tìm hiểu gốc tích họ Trần” – Đặc san “Khí phách rừng thần” số 01/ 2013 trang 16, Ban Liên lạc dòng họ Trần Nguyên Hãn Việt Nam. “Đâu là gốc tích họ Trần” – Hào khí Đông A số 3 năm 2003 trang 23, Đông A tỏa sáng số 01 / 2011 trang 18), 

Sách truyện lịch sử “Phật hoàng Trần Nhân Tông”:

Thời đó có thầy địa lý Đoàn Thông được gia đình cụ Kinh cứu mạng, mong được trả ơn. Thầy Đoàn Thông muốn đặt giúp cụ Kinh ngôi mộ cụ Tổ Trần Tự Mai ở hướng phát vương để cho con cháu của cụ lên ngôi vương “đứng đầu thiên hạ, đứng trên dân chúng” như lời thầy Đoàn Thông nói. Cụ Kinh từ chối, không nhận hướng phát vương. Cụ bảo thầy Thông đặt ở hướng phát nhân để con cháu cụ tu nhân tích đức. Nhưng thầy Đoàn Thông và người con thứ là Trần Tự Đức đã giấu cụ Kinh đặt ngôi mộ cụ Tổ Trần Tự Mai ở hướng phát vương tại đại huyệt Thái Đường phủ Long Hưng. Kể từ ngày đó, cụ tổ họ Trần tuy không mong danh vị cao sang đến với con cháu của cụ, nhưng danh vị cao sang vẫn cứ đến với họ một cách tự nhiên.

 Cháu nội cụ Kinh là Trần Thủ Huy vốn là một trang nam nhi tuấn tú và dũng mãnh. Gặp người bị nạn, Thủ Huy đã ra tay cứu giúp. Không ngờ người đó lại là vị thái tử nhà Lý tên là Lý Long Xưởng. Thái tử mang ơn kết tình huynh đệ với Thủ Huy. Thủ Huy giúp Lý Long Xưởng dẹp loạn trừ gian trong hoàng tộc nhà Lý nên được vua Lý Cao Tông gả công chúa Đoan Nghi, trở thành phò mã có quyền, có chức trong triều đình. Về sau, vì nghe lời dèm pha, vua Lý đã sai Trần Thủ Huy và công chúa Đoan Nghi đi sứ phương xa tận nước Kim, nước Liêu (Mông Cổ ngày nay). Công chúa Đoan Nghi sinh ra Trần Thủ Độ ở bên đó. Khi đã trưởng thành, Trần Thủ Độ trở về Đại Việt, góp phần khởi nghiệp nhà Trần. (Phật hoàng Trần Nhân Tông, tác giả Trần Trương, nxb Văn hóa - Thông tin 2009, trang 13).

          Điều này thấy là rất hợp lý bởi Trần Thủ Độ thường nói: “Ta không biết chữ nghĩa gì” có nghĩa là ở với cha mẹ tại nước Liêu thì không có điều kiện học hành như ở trong nước, mà chỉ được cha mẹ dạy dỗ ở nước ngoài mà thôi. Lớn lên, Trần Thủ Độ được gửi theo đoàn liên lạc ngoại giao về nước ở với bác là Trần Lý rồi tham gia khởi nghiệp nhà Trần. Khi phải đi sứ như vậy thì Trần Thủ Huy và công chúa Đoan Nghi gửi con trai Trần Thẩm ở lại nhờ bác Lý nuôi dậy.

          Theo các tài liệu trên thì Trần Thủ Độ là cháu ngoại của vua Lý Anh Tông. Cả Bố và Mẹ Trần Thủ Độ không có mặt ở Việt Nam trong thời kỳ nhà Trần khởi nghiệp.

Văn bia “Trần Tú Viên thần đạo bi

(Bia thần đạo của Trần Tú Viên) in trong Chí Chính tập, quyển 56, trang 262 do nhà xuất bản Tân Văn Phong, Đài Bắc xuất bản dựa trên bản in của bộ Nguyên nhân văn tập trân bản tùng san, xuất bản đời Thanh Tuyên Thống. Bia thần đạo của Trần Tú Viên do chính người cháu gọi ông ta bằng bác là Trần Đức Nhuận cho dựng trên mộ Tú Viên khi cải táng tại Phụng Lâu sơn, phía tây thành Hán Dương (nay là Vũ Hán), vào ngày tốt, tháng 11, năm Chí nguyên Mậu Dần (1383) (trích lời dẫn của Trần Đức Nhuận trong bia nói trên).

          Văn bia viết: “Họ Trần lấy được nước bèn truy phong người em họ Thái tổ Trần Thừa là Thẩm làm An Quốc vương. (Thẩm là anh ruột của Trần Thủ Độ). Phong cho con của Trần Thẩm là Trần Túc Kinh làm Vũ Đạo vương. Vũ Đạo vương lấy Trình Thị làm vợ, sinh 3 con trai. Ông là con trưởng húy là Tú Viên được vua phong là Văn Nghĩa hầu. Hai người con khác, một người là Minh Thành hầu (không rõ tên húy), một người là Minh Trí hầu (không rõ tên húy). Con Tú Viên là Trần Đức Tiệm.

          Theo văn bia thì  năm 1285, khi Thoát Hoan đem đại quân tiến vào biên giới Đại Việt, Nhật Huyên (tức vua Trần Thánh Tông) tổ chức phòng giữ các nơi xung yếu, nhiều lần bị thua. Trấn Nam vương Thoát Hoan vào chiếm Thăng Long. Con người em của ông (Tú Viên) bèn trình với Vũ Đạo (con của An Quốc vương) rằng: nhà Nguyên đang hưng thịnh, vạn quốc thần phục, nhà ta không sợ mệnh trời mà chống cự, thật là việc làm nghiêng đổ tông miếu, tàn hại sinh dân, ai là người sẽ chuyển họa thành phúc, ôm đồ tế khí mà bảo tồn miếu thờ tổ tiên? Vũ Đạo nghe theo bèn xin hàng,…

Em của Nhật Huyên (vua Trần Thánh Tông) là Ích Tắc cũng dẫn thuộc hạ ra hàng. Ông (Tú Viên) cùng phụ mẫu sang Trung Quốc, đến Ung Châu thì Vũ Đạo mất, Ông cùng Ích Tắc vào bệ kiến, Ích Tắc được phong An Nam quốc vương, còn ông làm Phụ Nghĩa công, Tư Thiện đại phu, đeo kim hổ phù, thuộc hạ cũng được cất nhắc khác nhau…”. Trần Đức Tiệm là con của Tú Viên cũng được vua Nguyên phong cho là An Nam phủ lộ tuyên vũ sứ”. 

          Theo sách “An Nam truyện” của sử nhà Nguyên thì cùng theo Vũ Đạo vương sang hàng quân Nguyên còn có con rể Chương Hoài Thượng hầu Trần Văn Lộng, con của Nhân Thành Hầu Trần Duyệt. Nhân Thành hầu Trần Duyệt là con của Trung Vũ đại vương Trần Thủ Độ (theo An Nam chí lược), Văn Lộng giữ chức đại tướng, trấn giữ sông Tam Đái (Việt Trì ngày nay) nhưng cũng theo cha vợ mà đem cả gia đình sang hàng nhà Nguyên,

          Đây có thể là nguyên nhân các sách sử Việt Nam về sau không còn thấy nói đến có nhân vật nào là hậu duệ của Trần Thủ Độ ở Việt Nam.